建文帝发现朝廷里面的武将身份普遍比较高，而文官说话的资格非常少，于是他上台之后，就开始着力提高文官的政治地位，把六部尚书升为正一品，打开科举答案之门，重用黄子澄和齐泰这些科举出身的文人，而且广开言路，为人也很随和。这样一来，在朱元璋时代每天战战兢兢的官员，终于算是松了一口气，朝廷又有了新的气象。
他还宽轻刑狱，减轻赋税，为人民谋福利。这些都是好事儿。
但建文帝也做了一件很不成熟的事儿，那就是削藩。削藩本来没有错，但是他选择的时机以及方法都不对，也就是说在错误的时间做了正确的事儿，那么他是错的。
削藩的原因是这样的，朱元璋在生前为了保证大明朝千秋万代，所以在全国各地都封了很多的藩王，一共二十五个，这些藩王拥有很大的权利，而且有自己的军队，少的三千，多的有好几万，尤其几个在边塞的王爷，拥有兵马八万余人，当时就又很多人对此表示反对，认为很可能以后会酿成祸乱，可是朱元璋不听，所以这个隐患也就留了下来。
于是到了朱允炆这一代也就成了心腹大患，这些藩王以燕王朱棣为首，全都是他的叔叔们，以前朱元璋在的时候，都不怎么把他当回事儿，更何况现在老头子不在了，所以他心里非常担心。于是就和自己的亲信们密谋，要不咱削藩吧。
当时他的朝廷被人们称为“秀才朝廷”，一方面是他重用读书人，另一方面则是武将宿将功臣全都被朱元璋杀了，有真知灼见的人并不多。而建文帝依赖的齐泰和黄子澄这些人更是白面书生，没什么能力，出的主意往往也不到位。但是他们还是下了决心，锐意削藩。
说干就干，建文帝选择第一个削藩的目标是周王，之所以这样做就是因为周王和朱棣是亲兄弟，他为了对付朱棣，先剪除他的左膀右臂。
当时朝廷里的人都主张削藩，但是如何削藩却有着不同的意见，很多人都主张用怀柔的手段，比如效法汉朝的推恩令进行削藩，这样不至于激发变乱。可是建文帝显然太年轻，太心急，他居然派人秘密地把周王给绑票了，像黑社会一样，名不正言不顺。
这样一来就搞得藩王们人人自危，尤其是周王的兄弟燕王朱棣，他很清楚小皇帝是冲着他来的，而他又是一员能征善战的武将，肚子里的墨水不是很多，有人曾经评价他是半文盲。所以他打算用军人的方式来拯救自己。
建文元年7月，燕王朱棣承受不住来自朝廷方面的强大压力，在姚广孝等人的游说之下，打着“清君侧”的名义，举兵造反，来开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。从战争一开始，大家就可以看出建文帝的年轻和幼稚了。
他本来以全国敌一隅，那是稳操胜券，但是他低估了燕王的能力，忘记了他是个沙场上的名将。一开始的时候，他借故调走了燕王的亲兵，然后命令宋忠率兵三万驻军开平，另外在山海关还有军队协防，把燕王给团团包围了起来。
