郑经逃回台湾后，因连年征战劳累，加之丢城失地，损兵折将，心情忧郁，身体也不太好，便把军务政务交与世子郑克臧。康熙二十年（1681年）正月二十七日，郑经病逝，按其生前安排，应由郑克臧继任延平郡王之位。然而，郑氏集团再次上演了一出争位的狗血剧。原来郑克臧是郑经的侧室所生，郑经另有7个儿子，则是正室唐氏所生，他们不甘大权落在郑克臧手中，公开放话：“克臧非吾骨肉，一朝得志，我等便无出头之日。”于是郑氏集团再次发生内斗，在大将冯锡范，刘国轩等操纵下，郑克臧先是被幽禁，不久被杀死。几经争夺，最后由冯锡范的女婿郑克塽继任了延平郡王，不少郑氏集团文武大臣也在这场权力斗争中遭殃，郑氏集团出现了严重混乱。
姚启圣通过在台湾的内线，得到郑经病逝，诸子为争权互相残杀的情报，于5月间奏报朝廷，并提议：“会合水陆官兵，审机乘便直捣巢穴。”大学士李光地等也都奏请：“郑经已死，郑克塽年幼，诸事诸部争权，乘机进取，攻必克之。”
康熙接到奏报，认为此时“三藩之乱”已彻底平定，满汉矛盾趋于缓和，台湾地区重入中国版图，统一全国是大势所趋，而台湾地区内外交困，可以说进取时机非常成熟，于是颁发谕旨：“宜乘机收复澎湖台湾。福建总督姚启圣，巡抚吴兴祚，提督万正色等，宜同心合志，……毋误事机。”
而福建水师提督万正色再次提出异议，“涉洋远险，波涛莫测，长驱制胜，难计万全，断不可取。”总之一句话，就是万总督不想干，唉呀呀，这事有风险啊，不能这么办，万一失败了可怎么是好？这让主张进取的姚启圣、李光地等十分不满，他们认为克敌制胜的时机已经成熟了，但将领临敌无勇，固步自封，怎么能取得胜利呢？两人从***大计出发，保荐施琅为前线统帅，取代万正色，认为施琅智勇兼备，是水师良将，又因父兄为郑成功所杀，作战意志坚决，可以担当***的重任。
郑氏内部自相残杀，康熙把握时机，决策进取台湾，力排众议，准姚启圣、李光地所请，7月底降旨，委任施琅为福建水师提督，万正色改为陆路提督。
施琅到任后，干劲十足，立即着手战备，打造战船，招暮水勇，筹办火器，操练演习，研究地理，制定进军准备。正当施琅紧锣密鼓于各项准备时，康熙二十一年（1682年）7月，出现彗星，本就不赞成进取台湾的反对派趁机发难，给事中孙蕙，尚书梁清标等上书朝奏，称“彗星出现，宜暂停进剿台湾”。他们翻了翻旧账，发现康熙五年施琅征讨台湾曾因台风所阻折回的事，便以此攻击施琅怀念旧主，去必叛逃。
